Se sitúa Acebedo en una irregular hondonada, circundada en sus tres cuartas partes por diversas alturas, pobladas éstas de exuberante vegetación arbórea, con las tierras de labor mediando entre ambas y alcanzando una altitud media sobre el nivel del mar de 740 metros.

Acebedo se halla en recóndito lugar, en el epílogo de uno de los numerosos ramales que surgen de la carretera local (L-622) Vitoria-Bóveda a mano derecha, una vez atravesado el enclave burgalés de San Millán de San Zadornil, tras dejar los pueblos de Pinedo y Basabe que, igualmente, se alinean en dicho ramal.