Concejo próximo a los cauces de los ríos Omecillo y Tumecillo.
En las laderas del monte Medropio en el Barrio de Arriba, se emplazó una población del Bronce final /Edad Hierro, con una continuidad durante la época romana. En la Alta Edad Media este lugar es densamente repoblado. Villanañe ha estado ligada tradicionalmente a la hermandad de Valdegovía.
